课题组长

王培培，研究员。主要利用多组学数据、生物信息学及机器学习等方法研究植物生物学中的问题。目前已在Nat Plants，Nat Commun, New Phytol等刊物上发表21篇科研论文，其中以第一作者或通讯作者（含共同）发表SCI论文11篇；任Front Plant Sci客座编辑及审稿编辑；主持Front Plant Sci专刊一项；曾为投稿到New Phytol, Front Plant Sci, Commun Biol等杂志上的文章审稿。获密西根州立大学植物生物系颁发的Anton Lang Memorial Research Excellence Award，入选佛山市地方级领军人才、国家重大人才工程青年人才，主持1项国家自然基金委面上项目。

研究方向

利用基因组、转录组、表观修饰组等多组学数据鉴定园艺植物重要农艺性状的关键功能基因；

利用基因编辑技术进行精准育种；

研发花卉先进生产技术；

利用多组学数据及机器学习的方法对植物代谢通路基因进行预测；

研究单拷贝基因在全基因组加倍后丢失其重复基因的分子机制。

任务目标

鉴定蝴蝶兰等花卉植物在花型、花色、花香、花序结构、生物及非生物胁迫抗性等方面的关键功能基因；

培育适应市场需求的“新奇特”花卉品种；

缩短花卉育种周期、提高花卉栽培效率及花卉品质；

提高基于多组学数据的代谢通路基因预测的准确性，并利用迁移学习的方法在非模式的药用植物中对重要天然代谢产物的通路基因进行预测；

揭示基因丢失的分子机制。

教育和工作经历

2022/5 至今佛山鲲鹏现代农业研究院，中药组学与花卉研究中心，花卉方向，PI

2016/3-2022/4 密西根州立大学，植物生物学，博后

2010/9-2016/1 中国科学院植物研究所，植物学，博士

2008/9-2010/6 中国科学院植物研究所，植物学，客座研究生

2007/9-2010/6 成都理工大学，自然地理学，硕士

2002/9-2006/6 成都理工大学，资源环境与城乡规划管理，本科

学术兼职

2021年2月受Frontiers in Plant Science杂志的邀请，以客座编辑的身份组织题为“Omics Data-based Identification of Plant Specialized Metabolic Genes”的专刊。

2022年6月被Frontiers in Physiology和Frontiers in Plant Science的特刊Plant Physiology聘为审稿编辑。

2022年9月至今，广东轻工职业技术学院，生态环境技术学院，外聘兼职教师。

2023年7月-2026年3月，广东省研究生联合培养基地（佛山）中心，农艺与种业专业，硕士研究生兼职导师。

2023年12月至今，华中农业大学，生物信息学专业，校外博士/硕士导师。

2023年12月至今，华南农业大学，植保学院，第二指导教师。

2023年10月至今，国家自然科学基金委，评审专家。

2024年3月至今，江苏省科技厅，科技咨询专家。

曾为投稿到New Phytologist，Frontiers in Plant Science，Communications Biology，Genome Biology and Evolution，BMC Evolutionary Biology，International Journal of Molecular Sciences，Genes，以及 Agronomy杂志上的文章审稿。

获奖情况

2013年7月获英国John Innes Centre 提供的Multi-level Modelling of Morphogenesis 培训旅行奖励

2019年8月获美国密西根州立大学Plant Resilience Institute 提供的会议旅行奖励

2022年4月获密西根州立大学与美国能源部联合创办的植物研究实验室颁发的Anton Lang Memorial Research Excellence Award for research associates

2023年10月入选国家重大人才工程青年人才

基金项目

佛山鲲鹏现代农业研究院科研启动经费，2022.05-2027.04，主持

佛山鲲鹏现代农业研究院重大任务嘉卉计划子课题，2022.10-2023.11，主持

国家自然科学基金委面上基金项目，跨部分同源染色体代谢基因簇的鉴定及进化研究，2024.01-2027.12，主持

国家重大人才工程青年人才项目，蝴蝶兰分子生物育种，2024.01-2026.12，主持

主要发表论文（^‡并列第一作者, ^#通讯作者）

1. Peipei Wang^#, Melissa D Lehti-Shiu, Serena Lotreck, Kenia Segura Aba, Patrick J. Krysan, Shin-Han Shiu^#. 2024. Prediction of plant complex traits via integration of multi-omics data.  Nat Commun  15(1):6856

2. Wenhui Bai, Cheng Li, Wei Li, Xiaohong Han^#, Peipei Wang^#, Li Wang^#. 2024. Machine learning assists prediction of genes responsible for plant specialized metabolite biosynthesis by integrating multi-omics data.  BMC Genomic s 25:418

3. Peipei Wang^#, Pengxiang Fan^#, Yan Bao^#, Wei Li^#, Li Wang^#, eds. (2023). Omics data-based identification of plant specialized metabolic genes. Lausanne: Frontiers Media SA. doi: 10.3389/978-2-8325-2803-7

4. Peipei Wang^#, Pengxiang Fan^#, Yan Bao^#, Wei Li^#, Li Wang^#. 2023. Editorial: Omics Data-based Identification of Plant Specialized Metabolic Genes.  Front Plant Sci  14:1209334

5. Thilanka Ranaweera, Brianna N.I. Brown, Peipei Wang^#, Shin-Han Shiu^#. 2022. Temporal regulation of cold transcriptional response in switchgrass.  Front Plant Sci  13:998400

6. Peipei Wang^‡, Fanrui Meng^‡, Paityn Donaldson, Sarah Horan, Nicholas L. Panchy, Elyse Vischulis, Eamon Winship, Jeffrey K. Conner, Patrick J Krysan, Shin-Han Shiu^#, Melissa D. Lehti-Shiu^#. 2022. High throughput measurement of plant fitness traits with an object detection method using Faster R-CNN.  New Phytol  234(4):1521-1533

7. Peipei Wang^#, Ally Schumacher and Shin-Han Shiu^#. 2022. Computational prediction of plant metabolic pathways.  Curr Opin Plant Biol  66:102171

8. Peipei Wang, Bethany M. Moore, Sahra Uygun, Melissa D. Lehti-Shiu, Cornelius S. Barry, Shin-Han Shiu^#. 2021. Optimizing the use of gene expression data to predict plant metabolic pathway memberships.  New Phytol 231(1):475-489

9. Peipei Wang, Fanrui Meng, Bethany M. Moore, Shin-Han Shiu^#. 2021. Impact of short-read sequencing on the misassembly of a plant genome.  BMC Genomics 22(1):99

10. Peipei Wang, Bethany M Moore, Nicholas L Panchy, Fanrui Meng, Melissa D Lehti-Shiu, Shin-Han Shiu^#. 2018. Factors influencing gene family size variation among related species in a plant family, Solanaceae.  Genome Biol Evol 10(10):2596–2613

11. Peipei Wang^‡, Hong Liao^‡, Wengen Zhang^‡, Xianxian Yu, Rui Zhang, Hongyan Shan, Xiaoshan Duan, Xu Yao, Hongzhi Kong^#. 2016. Flexibility in the structure of spiral flowers and its underlying mechanisms.  Nat Plants 2:15188

12. Jinhua Ran^‡, Peipei Wang^‡, Huijuan Zhao, Xiaoquan Wang^#. 2010. A test of seven candidate barcode regions from the plastome in  Picea (Pinaceae).  J Integr Plant Biol 52(12): 1109–1126

其他发表论文（^‡并列第一作者, ^#通讯作者）

13. Bethany Moore^‡#, Yun Lee^‡, Peipei Wang, Christina Azodi, Erich Grotewold, and Shin-Han Shiu^#. 2022. Modeling temporal and hormonal regulation of plant transcriptional response to wounding.  Plant Cell  34(2): 867–888

14. Siobhan A. Cusack, Peipei Wang, Serena G. Lotreck, Bethany M. Moore, Fanrui Meng, Jeffrey K. Conner, Patrick J. Krysan, Melissa D. Lehti-Shiu, Shin-Han Shiu^#. 2021. Predictive models of genetic redundancy in  Arabidopsis thaliana .  Mol Biol Evol 38(8): 3397-3414

15. Rui Zhang^‡, Xuehao Fu^‡, Caiyao Zhao^‡, Jie Cheng^‡, Hong Liao, Peipei Wang, Xu Yao, Xiaoshan Duan, Yi Yuan, Guixia Xu, Elena M Kramer, Hongyan Shan, Hongzhi Kong^#. 2020. Identification of the key regulatory genes involved in elaborate petal development and specialized character formation in  Nigella damascena (Ranunculaceae).  Plant Cell 32(10): 3095-3112

16. Pengxiang Fan, Peipei Wang, Yann-Ru Lou, Bryan J Leong, Bethany M Moore, Craig A Schenck, Rachel Combs, Pengfei Cao, Federica Brandizzi, Shin-Han Shiu, Robert Last^#. 2020. Evolution of a plant gene cluster in Solanaceae and emergence of metabolic diversity.  eLife 9: e56717

17. Yan Bao^‡#, Weimeng Song^‡, Peipei Wang, Xiang Yu, Bei Li, Chunmei Jiang, Shin-Han Shiu, Hongxia Zhang^#, Diane C Bassham^#. 2020. COST1 regulates autophagy to control plant drought tolerance.  Proc Natl Acad Sci U S A 117(13): 7482-7493

18. Bethany M Moore, Peipei Wang, Pengxiang Fan, Aaron Lee, Bryan Leong, Yann-Ru Lou, Craig A Schenck, Koichi Sugimoto, Robert Last, Melissa D Lehti-Shiu, Cornelius S Barry, Shin-Han Shiu^#. 2020. Within and cross species predictions of plant specialized metabolism genes using transfer learning.  in silico Plants 2(1): diaa005

19. Bethany M. Moore, Peipei Wang, Pengxiang Fan, Bryan Leong, Craig A. Schenck, John P. Lloyd, Melissa D. Lehti-Shiu, Robert L. Last, Eran Pichersky, Shin-Han Shiu^#. 2019. Robust predictions of specialized metabolism genes through machine learning.  Proc Natl Acad Sci U S A 116(6): 2344-2353

20. Melissa D. Lehti-Shiu^#, Nicholas Panchy, Peipei Wang, Sahra Uygun, Shin-Han Shiu^#. 2017. Diversity, expansion, and evolutionary novelty of plant DNA-binding transcription factor families.  BBA-Gene Regul Mech 1860(1): 3-20

21. Jinhua Ran, Tingting Shen, Wenjuan Liu, Peipei Wang, Xiaoquan Wang^#. 2015. Mitochondrial introgression and complex biogeographic history of the genus  Picea .  Mol Phylogenet Evol 93: 63-76

22. Rui Zhang^‡, Chunce Guo^‡, Wengen Zhang^‡, Peipei Wang, Lin Li, Xiaoshan Duan, Qinggao Du, Liang Zhao, Hongyan Shan, Scott A. Hodges, Elena M. Kramer, Yi Ren^#, Hongzhi Kong^#. 2013. Disruption of the petal identity gene  APETALA3-3 is highly correlated with loss of petals within the buttercup family (Ranunculaceae).  Proc Natl Acad Sci U S A 110(13): 5074-5079

预印本（^‡并列第一作者, ^#通讯作者）

23. Peipei Wang, Fanrui Meng, Kenia Segura Abá, Christina B Azodi, Michael D. Casler, Shin-Han Shiu^#. Impact of genome assemblies, genotyping methods, variant types, and ploidy levels on genomic prediction in switchgrass.  bioRxiv  (https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.06.17.599440v1)